比较常见的文化冲突，跟是教会的日常仪式有关，从出生、入教时的洗礼，到死前的终傅礼，平日做弥撒以及密室忏悔都令中国的老百姓既感到神秘，也感到不解，容易往邪了想。双方有点儿摩擦的时候，就更易于流于恶意揣测。一般来讲，虽说中国人讲究男女授受不亲，但乡村世界，农家村姑没有条件藏在深闺，所以男女混杂在所难免，但是这种混杂一般只限在野外、集市等空旷地方，一旦男女混杂在一个房间里（比如教会做弥撒）就难免引起人们有关脐下三寸的联想，从通奸到乱交、群交。至于密室忏悔，隔膜更甚，不可解释，则联想也就更加活跃，简直就板上钉钉认定就是密室行淫。应该说，自从1844年《中法黄埔条约》基督教开禁以来，中国的城乡产生了无数的关于基督教、教会、教民的讹言，有无数份的打教揭帖在流传，其中最核心的成分都跟“淫”有关，来自文化的隔膜被恶意地放大了。
显然，对于打破大门进来的西方人，无论输入的宗教本身怎样，中国人的观感几乎从进入的那一刻起，就注定是先天不良的。特别被恶意放大的隔膜还有教会育婴堂收养弃婴事件。在过去的时代，中国农村比较普遍存在溺婴的现象，即弃养女婴。虽然背后有对生活的无奈，但不能说不是一个恶习。当然，中国也有人办育婴事业，收养弃婴，但这个事做得比较大的还是教会的育婴堂。育婴堂收来的弃婴，很多本身健康状况就不太好（视弃养的时间长短而定），收来之后，嬷嬷（对西方教堂里年长或者辈分高的女修行者的尊称）们往往对于拯救婴儿灵魂比拯救他们的生命更在意，因此造成了育婴堂的婴儿死亡率比较高。当育婴堂将这些死婴集中埋葬的时候，麻烦就来了。过去弃婴东死一个，西丢一个，狼吃狗叼不会引起人们的注意，但一个地点，棺材埋很多就很扎眼。于是传说这些孩子都是教会害死的，更进一步传说教会拐来中国人的小孩，挖心肝做药，挖眼睛点银（可以将铅点化为银）等。有的育婴堂为了鼓励人们帮助收弃婴，往往会给那些送来孩子的人一点报酬。因此，就有匪类为了这点报酬居然去拐人家孩子，这种匪类一旦暴露，就会把屎盆子扣在育婴堂头上，“坐实”了有关的讹言。轰动全国的1870年天津教案，就是因为这个原因闹起来的。当然，由文化隔膜导致的冲突，在基督教的传播历史上并不稀罕。从理论上讲，隔膜是会随着交流的增加而消除的，基督教的某些风习固然怪异，中国人见得多了自会见怪不怪，随之而来的会是理解，甚至和解。只要彼此没有在误会形成对抗，只要彼此的敌意没有形成刻板印象，冲突就会消散。但是，当时清政府的作为却使这种和解的可能化为乌有。