下诏各地严防，命各州郡准备作战、训练士兵、整点武器、召集义军。
皇甫嵩见时机已至，上谏要求解除党 禁，拿出皇宫钱财及西园良马赠给军士，提升士气。
而后，吕彊又对灵帝上言：“党锢之祸积怨日久，如果与黄巾合谋，恐怕大汉便真的完了。”
汉灵帝接纳提案，在壬子日大赦党人，发还各徙徒，要求众世家公卿捐出马、弩，推举众将领的子孙及民间有深明战略的人到公车署接受查验。
而另一方面又发精兵镇压各地乱事：卢植领副将关羽率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋。
皇甫嵩领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐南阳一带的黄巾军。
此时，张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角，皇甫嵩闻之，令副将曹操与其会猎于南阳城外。
汉军在首战并未得利，于四月，皇甫嵩大军就被黄巾张曼成所败而撤退，皇甫嵩唯有在宛城驻扎防守，被张曼成率大军围城，汉军人少，士气低落。
此时，又有汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫， 黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。