内阁使团在协调国大党和穆斯林联盟之间的分歧时，遇到了不可逾越的障碍。在移交政权问题上，国大党领袖们主张，英国人先撤出印度，把问题留给印度自己去解决，主张建立统一的临时政府，召开统一的制宪会议制定未来印度宪法。而穆斯林联盟则主张英国必须安排好分治事宜后撤出，分治后再由两国各自的制宪会议为各自国家制定宪法。在建立国家问题上，国大党主张，独立后的印度是一个统一的联邦国家，中央权力限制在一定范围内，赋予各宪政单位以充分自治权。穆斯林联盟则坚决主张建立两个独立国家，而且主张巴基斯坦的范围应包括孟加拉、旁遮普、阿萨姆、信德、西北边境省和俾路支斯坦。
内阁使团为了让双方自己协调他们的分歧，特意暂时回避，到克什米尔度假。当他们回来后，发现双方的僵局仍然没有打破。于是，5月5日内阁使团和总督召开由各党派领导人参加的第二次西姆拉会议，讨论解决方案。5日至12日，一共举行了7次正式会谈。内阁使团提出一个建议，即在一个松散的联邦里，各省享有充分的自治权。中央政府负责国防、外交和交通，各省分别联合成为不同的教区，一种是以印度教徒占多数的省组成，一种是以穆斯林占多数的省组成。参加会议的各党派代表在内阁使团建议的基础上，对未来印度前途问题进行了认真的探讨。但是，国大党接受教区省的建议，是以建立一个强大的中央政权为条件的，而穆斯林联盟接受的中央政府，是以建立一个松散的中央政权为条件的。双方各持己见，互不相让。5月12日，第二次西姆拉会议像第一次一样不欢而散。