朱由检十分欣赏倪元璐这份奏疏，准备开干。不出意外地，此事受到了阻碍。当时朝中仍有大量阉党存在，他们不希望这件事推动下去，特别是内阁的来宗道。来辅臣使出“拖延”绝技，票拟了一个“事关重大，让礼部和史馆再讨论讨论”的谕旨，准备将其束之高阁。
朱由检最烦有人给他使绊子，谁阻碍他搞定阉党，那他就让谁滚蛋，他直接在后面接了“听朕独断行”几个字，强行推动此事。
断人前路如杀人父母，眼看《三朝要典》要被销毁，阉党分子一个个如丧考妣。据说翰林院侍讲孙之獬曾在内阁争吵，当场撒泼耍赖，号啕大哭，声动皇城，一点脸都不要。等稍微恢复理智，孙之獬依旧没有捡起地上的脸，他决定再找皇帝撒泼，发誓将无耻贯彻到底。
人不要脸则无敌，孙之獬举起了“御制序”的大旗，说皇上与先帝本是手足，怎么能如此痛下狠手、有悖祖考。“有悖祖考”是个大帽子，面对这事儿，皇帝的手也要抖三抖，毕竟封建王朝建立在此基础之上。
但朱由检并不吃这套，他坚定要根除阉党，神挡杀神、佛挡杀佛，敌人愈强他愈勇，一个小小的孙之獬居然如此嚣张，那更说明了根除阉党的手段还不够硬。
孙之獬的努力使得销毁《三朝要典》的进程加速了，销毁谕旨于五月初十颁布，同时声明今后不得以此书的论调决定是非臧否和人才进退。