但是……它可能也没你想象的那么重要。第一个问题，这种基因变异本身很可能与患中风的风险并无直接关联。它可能只是一个无辜的旁观者，碰巧出现在了那里，心无旁骛地忙着自己的事情，而它附近的某个变异才是真正的罪魁祸首。也就是说，要找出真正的致病元凶“道阻且长”，识别出这样的无辜变异仅仅是万里长征的第一步。第二个问题在于，就每一个个体而言，这种风险因子的意义其实微乎其微。如果说有一半的人这一位点的碱基都是C，而且他们患中风的风险也就比一般人高一点，那么即使你发现自己携带了这一变异也不用过于担心。此外，对来自不同族群的人而言，这种风险因子可能也没有参考意义。例如，这种T→C的基因变异与中风之间的联系可能只适用于欧洲族裔。说到欧洲族裔，关于他们的研究不计其数，但这并不见得是好事，因为相比之下，基于其他族群的类似研究屈指可数。
还有一种可能，即你找到的这一基因变异并不存在于某个基因中。通过全基因组关联分析找到的大多数基因变异都属于这种情况。有时，这由上面提到的“无辜旁观者”的存在导致—某个基因上确有一处重要变异，而你发现的那个变异就在它附近。更常见的情况是，某种基因变异与我们感兴趣的某种疾病之间存在关联，其原因往往与这种基因本身被调控的方式有关，而非导致该基因产生的蛋白质发生改变的变异。我们的基因组里有大量对基因表达的调控至关重要的序列（调控序列）。这种调控往往通过RNA来实现。RNA是一种与DNA几乎相同，但又不完全相同的化学物质。RNA与RNA之间可以相互作用：一个RNA激活了另一个RNA，而这又会抑制其他不同的RNA，这一系列作用反过来就会影响基因的表达，某种蛋白质可能就这样产生了，而这可能与你一开始发现的基因变异有关。我们对这套调控机制还不甚了解，但通过全基因组关联分析找到的很多变异，可能都与这一错综复杂的调控机制中的某些微妙变化息息相关—这不是我们在短时间内能够弄清楚的。