在马拉松，将军们的意见并不一致。按照雅典人当时的制度，战场上的10名将军集体决定军队行动，以多数票为准。在将军之上，有一个名义上的统帅军事执政官。很自然地，当将军们开会确定作战计划时，出现了意见分歧。部分人觉得波斯人兵力优势明显，雅典军队不过1万人左右，而波斯方面可能有5万之众，并且有数量不小的骑兵，因而他们主张等待斯巴达人的援兵到来，部分人则担心夜长梦多，城内可能出现叛变行为，主张立刻决战。表决的结果，是两种意见各有支持者，而且票数相等。此时主战派的将军米尔提阿德斯前往军事执政官卡利马库斯处，指出如果马上交战，则希望的自由尚有希望，如果拖延决战，则一旦事情有变，军事执政官可能成为希腊的罪人。卡利马库斯支持了主战派，从而让马上出战的意见取得胜利。
公元前490年米尔提阿德斯当选将军，显示了雅典人的政治远见。此人本是克尔松奈斯的僭主，公元前513年大流士远征西徐亚时，曾率军帮助大流士。但当波斯人镇压小亚细亚希腊人的起义，威胁到克尔松奈斯的独立时，他选择回到雅典。但他刚刚回国，就遭遇控告，罪名是他在克尔松奈斯实行了僭主政治。不过雅典人不但把他无罪开释，而且选举他为公元前490年的将军，一个非常重要的考虑，应当是他曾经在波斯军队中服役，了解波斯军队的战略和战术。