洪堡于1809—1810年撰写了《论柏林高等学府的内外组织问题》（über die innere und ?upβere Qrganistion der h?heren Wis- senschaftlichen Anstalten in Berlin）一文，进一步阐述了他的教学与科研相结合的原则和对科学的独立、自由和统一性的看法。可惜这篇文章未完稿，而且这部不完整的手稿一直到1896年和1900年才公之于世。洪堡写道：“在高等学府这个概念中……汇集了与一个民族的道德文化有直接关系的一切，这个概念的立足点是高等学府必须对科学这个词从深度和广度展开研究，不是说要有意识地把科学用于培养道德智慧，但无疑科学是培养道德智慧的最合适的材料。”[28]显而易见，洪堡对科学的理解也是受新人文主义的影响的，认为真正的科学产生于人的心灵深处。
洪堡进一步指出：“高等学府的本质在于内部把客观的科学和主观的教育、外部把结束了的中学教育和刚开始的大学在自己的领导下结合起来，或者说是促使前者向后者过渡。其中最关键的是科学，因为只要科学是纯粹的，那么即使出现个别的偏差，纯科学仍然会自动地全部被人正确掌握。”[29]